文昌鱼，属于头索动物亚门鳃口科，没有脊椎骨，不属于鱼类。文昌鱼是生物演化研究中的模式生物，它揭示了现存脊椎动物的起源。

　　文昌鱼成熟个体平均体长大约5厘米左右，寿命约2年8个月左右。

　　身体半透明。同脊椎动物一样，文昌鱼具有一条沿背部下行的神经索，并具有呈条带状的肌节。然而，和脊椎动物不同的是，文昌鱼的背神经索不是由骨骼所保护，而是由许多柱状细胞所在组成的具有韧性的膜状结构所紧密包围，这种起支撑作用的结构比脊椎简单得多，又被称为脊索。

　　文昌鱼的脊索和脊椎动物的脊椎不同，它一直延伸进入头部，故文昌鱼所属的亚门被称作头索动物亚门(Cephalochordata)，其中“cephalo-”在拉丁文的意思就是“与头部相连”。

　　文昌鱼于头部被称为脑室的神经索部分比较粗大，但并不是脑部。并文昌鱼嘴的前端长有口笠触手，起到感觉器官和过滤进入口中的海水的作用。文昌鱼拥有血管系统，但没有心脏，血液由一部分血管的脉动带动。

　　中国青岛、厦门是文昌鱼的两个主要栖息地。此外，整个东南亚沿海均有发现文昌鱼。在美国加利福尼亚州和佛罗里达州也有分布。

　　它们对地质要求比较严格，通常仅在有机质含量较低的粗中砂和中砂中大量出现。人为破坏所造成的栖息地环境改变有可能造成文昌鱼种群的消失。此外，由于文昌鱼具有丰富的营养价值，为东南亚一带的传统食物，商业性的捕捞也加速了文昌鱼资源的枯竭。

　　文昌鱼现为中国的国家二级保护动物。

　　文昌鱼皮肤薄而半透明，由单层柱形细胞的表皮和冻胶状结缔组织的真皮两部分构成，表皮外覆有一层角皮层。

　　表皮外在幼体期生有纤毛，成长后则消失。

　　文昌鱼尚未形成骨质的骨骼，主要是以纵贯全身的脊索作为支持动物体的中轴支架。

　　脊索外围有脊索鞘膜，并与背神经管的外膜、肌节之间的肌隔、皮下结缔组织等连续。

　　文昌鱼肉红色，晶莹、半透明状，两头尖尖，体呈纺锤形，略似小鱼，无明显的头部，40～57毫米。

　　美国产的加州文昌鱼可长达100毫米。

　　文昌鱼前端有眼点，为视觉器，下为前庭及口口叫“口笠”。

　　前庭周围有40条口须，在咽的两侧有垂直的鳃裂，文昌鱼在它胚胎时鳃裂只有8对，到了成体却增加到180对。

　　文昌鱼的鳃裂不直接通向体表面开孔，而被皮肤和肌肉包裹着，形成一对特殊的“围鳃腔”。

　　文昌鱼的后端有尾鳍及肛前鳍，背部有一条背褶，是一层皮膜物，根本没有真正的骨质鳍条;腹面还有一对皮褶，叫做“腹褶”。

　　腹褶和肛前鳍交界处有一腹孔，是围鳃腔通体外的开口。

　　身体两侧交错排列着65个透明而明显的V字形肌节，V字的尖端部分朝着前方，这对在水中的向前运动有利。